menu
laboratory
/

palegenomics

Heading

/

Heading

This is some text inside of a div block.
This is some text inside of a div block.
This is some text inside of a div block.
the paleogenomics training and research laboratory was created to train museum specialists with the skills to use natural science methods to study biological samples deposited in museum collections in Russia
we are working with DNA extracted from anthropological material as well as tissues from extinct animals and plants

we develop new methods of bioinformatic analysis of genetic data that are obtained when decoding genomes.
/projects
1

Numenius: Annotated Organelle Genomes Database

В условиях возможного ограничения доступа отечественного научного сообщества к мировым базам данных и знаний актуальной задачей является создание отечественных баз данных и инструментов для их эффективного анализа. Относительно электронных ресурсов наиболее актуальной задачей является хранение и обработка результатов ДНК-секвенирования, так как современные методы полногеномного секвенирования позволяют считывать миллиарды последовательностей ДНК за считаные часы. Проект нацелен на создание электронного ресурса для визуализированного анализа результатов полногеномного секвенирования и полной автоматизации работы комплекса программ по сборке и аннотации митохондриальных геномов, включая исторические геномы, полученные при анализе музейной ДНК.

Аннотированные геномы будут автоматически сохранятся в электронную базу данных и станут доступны для анализа другими пользователями нашей системы после даты, обозначенной автором загружаемых данных. Основным преимуществом этого проекта будет возможность проведения сравнительного анализа большого множества митохондриальных геномов в реальном времени.

Совместно с ООО «ЭЛЬГЕН»

more details
1

Valley of the Kings: Paleogenomics of Early Nomads of Tuva

Cовместно с Государственным Эрмитажем.

Палеогеномные исследования оказались ценным инструментом для изучения миграций древнего населения Евразии. Несмотря на обилие данных о последовательностях древних геномов человека (более 10 000), отношения внутри отдельных сообществ практически не исследовались. Знание о генетическом родстве людей, относящихся к конкретной древней популяции или погребенных на одном кладбище, предоставляет важные сведения о социальных структурах древних коллективов. Большинство палеогенетических исследований, касающихся родства между людьми, обычно ограничивалось однородительскими маркерами (митохондриальная ДНК или Y-хромосома), в то время как задачей полногеномных исследований был в основном широкий сравнительный анализ представителей различных популяций разных исторических периодов.

Этот проект направлен на изучение происхождения, родственных связей и генеалогии кочевников Тувы, чьи захоронения были обнаружены в так называемой Долине царей в Турано-Уюкской горностепной котловине в Пий-Хемском районе Республики Тыва. Здесь, в долине реки Уюк, исследована серия больших курганов с захоронениями людей самого высокого социального уровня и сопровождающих их лиц. В рамках проекта будет оценена степень родства древних кочевников, захороненных в погребально-поминальных комплексах Аржан-2 и Чинге-Тей.

more details
1

origin and kinship of the people of the Oglahty archaeological site

Cовместно с Государственным Эрмитажем.

Определение родственных связей между людьми, связанными одним археологическим контекстом (например, погребенных в одном или нескольких могильниках, принадлежащих одной популяции), имеет большое значение для понимания социального устройства древних сообществ. Археологическое изучение захоронений часто дает представление о социальных и культурных связях между погребенными, но только генетический анализ может дать надежное определение их родства. В рамках междисциплинарных подходов существует возможность оценить биологические и культурные модели, которые характеризовали общества прошлого.

Проект направлен на детальное изучение палеогеномов людей, захороненных в могильном комплексе Оглахты (Южная Сибирь, Республика Хакасия) во II–IV вв. н. э., с целью выяснения степени родства между погребенными и структуры местного общества, отраженной в планиграфии оглахтинских погребений, а также происхождения этой новой для региона популяции.

more details
1

"Sixth Extinction"

Совместно с Зоологическим институтом РАН.

Этот проект направлен на использование современных методов геномики и биоинформатики для понимания причин и закономерностей вымирания животных и растений, с использованием методов современной геномики, биоинформатики, модифицированных методик выделения ДНК из музейного материала и достижения при исследовании экзогенной ДНК (enviromental DNA). Полученные в рамках исследований результаты в дальнейшем могут быть использованы для восстановления исторических видов и популяций.

more details
/partners
contacts

Phone/fax

+7 (812) 386-7635

artem nedoluzhko
laboratory manager

anedoluzhko@eu.spb.ru

European University at Saint Petersburg
191187, Saint Petersburg, ul. Gagarinskaya, 6/1